Simulasi Molecular Docking Dan Molecular Dynamic Senyawa-Senyawa Pada Biji Nangka (Artocarpus Heterophyllus Lam.) Terhadap Reseptor Peroxisome Proliferator Activated Receptor Gamma Sebagai Antidiabetes Melitus Tipe Ii

safirah nisa silviani;

Diabetes melitus tipe 2 terjadi akibat tubuh tidak bisa menggunakan produksi
insulin dengan efektif, sehingga kadar glukosa normal dalam darah tidak
tercapai.PPARγ berperan dalam proses sensitisasi insulin, dan digunakan sebagai
target terapi diabetes melitus tipe 2. Tujuan penelitian ini untuk mengetahui
senyawa yang memiliki aktivitas lebih baik dari biji buah nangka dibandingkan
obat antidiabetes melitus yaitu golongan tiazolidindion dan menguji kestabilan
senyawa biji buah nangka. Metode yang digunakan untuk penelitian ini yaitu
Molecular docking dan molecular dynamic. Ligan yang digunakan terdiri dari
ligan pembanding pioglitazon, dan delapan belas senyawa ligan dari biji buah
nangka. Sedangkan untuk reseptor yaitu PPAR gamma dengan kode pdb 2XKW.
Docking dilakukan menggunakan PLANTS. Simulasi molecular dynamics
menggunakan aplikasi GROMACS. Hasil penelitian dari delapan belas senyawa
ligan biji buah nangka diperoleh nilai score CHEMPLP terendah dan memenuhi
syarat Lipinski’s Rule of Five adalah kuwanon c dengan nilai -98.0631 kkal/mol.
Pada simulasi molecular dynamics dilihat parameter yaitu energi potensial,
RMSD, RMSF. Hasil trajektori kuwanon c molecular dynamic yang fluktuatif dan
cenderung tidak stabil. Dapat disimpulkan kuwanon c tidak stabil maka dari itu
tidak dijadikan kandidat obat antidiabetes melitus tipe 2.